A primeira vez que se mencionou a possibilidade de criar um organismo botânico na Madeira ocorreu em maio de 1798, através de um documento que João Francisco de Oliveira havia enviado a Domingos Vandelli, diretor do Real Jardim Botânico de Lisboa, intitulado Apontamentos para se estabelecer na Ilha da Madeira hum viveiro de plantas e huma Inspecção sobre a Agricultura da mesma Ilha.
Durante o século XIX vários cientistas e técnicos afetos à Botânica, tais como o naturalista alemão J.R. Theodor Vogel em 1841, o botânico austríaco Friedrich Welwitsch em 1852 e o naturalista barão Castello de Paiva em 1855, reforçavam a necessidade de ser criado um jardim botânico na ilha da Madeira, atendendo às suas condições climatéricas, importância botânica e potencialidades florísticas.
Em abril de 1950, a primeira Conferência da Liga para a Proteção da Natureza, realizada no Funchal, culminava com um parecer que seria um importante impulso para a criação de um jardim botânico na ilha.
Foi durante a presidência de António Teixeira de Sousa, iniciada em 1951, que a Junta Geral adquiriu a Quinta do Bom Sucesso com a finalidade de albergar o Jardim Botânico.
Fundado pelo engenheiro Rui Vieira, o Jardim Botânico da Madeira foi inaugurado a 30 de abril de 1960.
Ao longo dos tempos o Jardim Botânico foi crescendo em área, começando com uma superfície de pouco mais de 10 hectares até aos atuais 80 hectares, através da aquisição de terrenos confinantes a este.
Atualmente o Jardim Botânico da Madeira é propriedade do Governo Regional, integrado desde 1992 na Direção Regional de Florestas, da Secretaria Regional do Ambiente e Recursos Naturais.
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