Antes que os conquistadores ibéricos chegassem à área no século XVI, este território era habitado por grupos indígenas, alguns controlados por um cacique chamado Guatape. Em sua homenagem, a cidade recebeu seu nome.
O nome "Guatapé", vem da língua quíchua, relacionada a "pedras e água".
Outro nome que a cidade teve no passado foi "La Ceja de Guatapé". Guatapé foi fundada em 4 de outubro de 1811, pelo espanhol Don Francisco Giraldo y Jimenez. Foi declarado município em setembro de 1867.
Guatapé mudou ao longo de sua história. Era predominantemente uma cidade agrícola que dependia da pecuária, agricultura e mineração.
As Empresas Públicas de Medellín construíram um grande complexo hidroelétrico aqui na década de 1970. Este megaprojeto provocou grande impacto no desenvolvimento social, econômico, político, ambiental e cultural da localidade. Com a construção desta barragem, Guatapé tornou-se um dos mais importantes centros de produção de energia elétrica do país.
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